1991
4.27. 민중신학을 지향하는 소장 신학자, 목회자, 기독교사회운동가 들이 <젊은 민중신학자들의 모임>을 결성하다.
‘함께 보는 민중신학 시리즈’를 만들어 1993년까지 회원의 연구 성과물을 단행본 형식의 연속간행물로 5권을 펴내다.
1994
비정기간행물 형식의 학술지를 펴내기로 하고, 준비호 『젊은 민중신학자들의 어울마당』을 발간하다. 그리고 이듬해인 1995년 『시대와 민중신학』으로 제호를 바꾸어서 2호를 발간했고, 2010년 현재 11호까지 발간하다. 이 책은 미국의 하버드 대학에 소장되고 있고, 한국의 어려 신학대학 도서관에도 비치되어 있다.
1996
11.18, 모임을 확대 개편하여 <제3시대그리스도교연구소>(The Christian Institutue for the 3rd Era)를 창립하고 3인의 공동대표와 1인의 연구실장 체제로 운영하기로 하다.
1998
3월, 홈페이지(http://minjungtheology.kr) 개설하다.
2004
운영위원회를 신설하고, 공동대표제 대신 소장체제를 채택하기로 하고, 초대 소장으로 채수일 박사를 추대하다. 아울러 유급의 사무국장을 두어 연구소의 일반 사무를 담당하게 하다.
2006
제 2대 소장으로 김창락 박사를 추대하고, 연구실장을 두어 기획 기능을 강화하여 소장을 도와 사업의 총괄적 실행을 담당하게 하다.
2008
연구소 사무실을 개소하고(서대문구 충정로 2가 78-30 돈의빌딩 3층), 3인의 상임연구원을 선임하여 소장과 연구실장을 도와 연구활동을 강화하기로 하다.
지난 1991년까지 시행한 전문강좌를 발전적으로 재개하여, ‘신학아카데미 탈(脫)/향(向)’이라는 강좌 전문기구를 연구소 내에 설치하고, 4학기제로 운영하기로 하다.
2009
<웹진 제3시대>(http://minjungtheology.tistory.com/)를 월 2회 발행하기로 하다.
5월, 연구실을 이전하다(서대문구 충정로 3가 32-51, 102호).
6월, 웹진을 두 호씩 묶어 <페이퍼진 제3시대>를 만들다.
2010
4월 ~ 6월, <신학아카데미 탈/향> 봄학기 강좌, <요한복음—급진적 자유주의자들>, <반전의 희망—욥> 강좌를 개최하다.
2019
1월, 운영위원회 대신 이사회를 설립하다. (이사장 : 양권석 소장 연임). 김진호 연구실장, 유승태 상임연구원이 사임하고, 신임 정용택 연구실장, 김윤동 기획실장으로 취임하다.
김진호 연구실장은 새로운 연구기획위원장으로 취임하다. 강좌와 모임공간, 사무공간으로 '해아서교(마포구 해냄빌딩 3층)'를 운영하다.
상임연구원으로 유영상, 이성철 연구원이 활동을 시작하다.
2월, 심원안병무기념사업회와의 협력사업으로 안병무도서관을 운영하다. (은평구 살림이빌딩 5층)
3월, 성서아카데미 탈/향 <장벽 저편 사람들의 시선으로> 강좌 1년차를 2학기, 20주 개설하다. (강사 : 유연희 연구기획위원, 김진호 연구기획위원장)
2020
3월, 성서아카데미 탈/향 <장벽 저편 사람들의 시선으로> 강좌 2년차로 2학기, 20주 개설하다. (강사 : 유연희 연구기획위원, 김진호 연구기획위원장)
3월, 심원안병무기념사업회와의 협력사업으로 <안병무학교 | 민중신학아카데미>를 4학기간 실시하다.
2021
1월, 김진호 연구기획위원장이 사임하고, 황용연 연구기획위원장이 취임하다.
정혜진 연구원(웹진 편집장)이 부임하다.
4월, 신학아카데미 탈/향 '비평연습'을 시작하다. (3학기)
6월, 새 홈페이지(http://3era.kr)를 개설하다.
7월, 음성플랫폼 채널 "클럽하우스"에서 <비하인드 제3시대> 방송을 시작하다.